中國科學院昆明分院前身是中國科學院成立于1957年的中國科學院昆明辦事處，1958年擴建為中國科學院云南分院，1962年，中國科學院云南分院與四川分院、貴州分院合并，共同在成都成立中國科學院西南分院。1978年10月，經(jīng)國務院批準，西南分院撤銷，成立中國科學院昆明分院。